Le commandement est une notion très importante dans Empirium ]|[.
Chaque joueur dispose d'un certain nombre de points de commandement. Ce nombre augmente principalement avec l'ancienneté mais d'autres moyens existent en effectuant des recherches technologiques par exemple.
Chaque vaisseau autre que le Commodore consomme un point de commandement. Lorsqu'un joueur n'a plus de commandement disponible, il ne peut plus construire ou recevoir de nouveaux vaisseaux.
Il peut alors céder un de ses vaisseaux à un autre joueur ou le vendre à la Ghilde Marchande, pour le remplacer par un autre plus puissant ou ayant des fonctions différentes.
Un bâtiment particulier consomme également un point de commandement. Il s'agit du Centre Nexus. Ce bâtiment vous permet d'étendre votre couverture Nexus et ainsi gérer vos vaisseaux et planètes comme s'ils étaient à portée de votre Commodore ou d'un vaisseau Nexus.